EAF填补 在gwas数据获取当中，有许多数据并未含有eaf值，这对后续的分析极为不利。 EAF值： 如何进行EAF值的填补 参考文章：https://cloud.tencent.com/developer/article/2327202 我采取了以下两种方法 snp_add_eaf函数 snp_add_eaf

TwoSampleMR包迎来了0.6.0版本 之前在opengwas中网站就看到消息，5月1号之后需要使用opengwas的api token才可以获取到他们的gwas数据了。 昨天对包进行更新时，发现版本已经变成了0.6.0版本。现在通常使用的 extract_instruments 函数多了一个参数： 说明如下： opengwas_jwt：Us…

SMR简介以及代码实操 一、简介 SMR是由西湖大学杨健教授团队开发并支持的一个进行SMR以及HEIDI检验的软件工具。其官方网址是SMR，其中包含了对SMR的详细介绍以及操作教程。 SMR(Summary data-based Mendelian Randomization analysis),其核心思想就是利用eQTL数据对某些phenotyp…

目的：利用爬取的疾病的数据，完成数据的相关处理 方法： GWAS cFDR 参考文献：[使用多效性cFDR方法改进对冠状动脉疾病和血压常见变异的检测](使用多效性cFDR方法改进对冠状动脉疾病和血压常见变异的检测 |科学报告 (nature.com)) 条件错误发现率（cFDR)，只需要相关性状/疾病的独立GWAS数据集的汇总统计结果。基于遗传多效…