R学习
目的:利用爬取的疾病的数据,完成数据的相关处理 方法: GWAS cFDR 参考文献:[使用多效性cFDR方法改进对冠状动脉疾病和血压常见变异的检测](使用多效性cFDR方法改进对冠状动脉疾病和血压常见变异的检测 |科学报告 (nature.com)) 条件错误发现率(cFDR),只需要相关性状/疾病的独立GWAS数据集的汇总统计结果。基于遗传多效…
假期
假期开始,但是仍感到忙碌 暑期安排还没开始做,一大堆事情就找上来 近期我们在GWAS Cataloghttps://www.ebi.ac.uk/gwas/数据库上做一些工作,使用其所提供的api,进行信息的提取 这个过程,在不断摸索中,GWAS Catalog的巨大信息量逐渐体现出来..... 由于科研的保密性,我不能进行相关工作的展示 我将把相关…
成功续命
2025年5月2日 服务器续命记录 从4月开始,阿里云一直提醒ECS需要续费,中间考试月实在没办法处理。而且发现ECS比前两年贵了好多。 后面在虫部落上问了,网友推荐了很多方案,包括虚拟主机,嫖一些便宜的服务器,以及阿里云和腾讯云的学生优惠,最后我选择了用阿里云的服务器购入了一个新的ECS,配置如下 ===== 系统版本 ===== NAME=&q…
写了篇综述
师兄让写篇综述。投个中文普刊,考研复试之前可以用的上。 本来对中文不了解,结果一查才发现北大核心,全是国自然课题,各种基金项目?。科技核心全是各种课题项目?。感觉中文期刊投稿真的是很需要背景和身份。 目前打算投一个《生命的化学》试试。 2024-12-25 16:24:52 Wednesday
iPad写博客的便携性!
使用iPad写博客让记录变得更加方便! 今天在使用iPad的时候,我突发奇想,iPad是否可以用来写博客?遂尝试。 打开iPad输入我的网站域名加上wp-admin,在输入密码后,成功进入wp的工作台!bingo!搞定! iPad是我目前使用过的唯一一款便携式平板电脑,也是第一款。从可以和电脑一样写博客这个功能上来看,他是对得起电脑这个称呼的!
随记
2024年的最后一个考试月结束了,在断断续续的考试中,我经历了八场期末考试。 即使每天晚上都在教室里面待到12点,我现在却没有感觉到疲倦,可能是已经适应这种生活了? 现在摆在我面前的远期最大的事情,似乎就是考研了? 我在和我女朋友聊天的时候,我曾经发出这样的感叹,“中国的青少年如果只知道一味地跟风,随大流,中国社会很难进一步发展。”,但是现在我似乎…
EAF值填补—搬砖贴
EAF填补 在gwas数据获取当中,有许多数据并未含有eaf值,这对后续的分析极为不利。 EAF值: 如何进行EAF值的填补 参考文章:https://cloud.tencent.com/developer/article/2327202 我采取了以下两种方法 snp_add_eaf函数 snp_add_eaf
TwoSampleMR更新啦!!!
TwoSampleMR包迎来了0.6.0版本 之前在opengwas中网站就看到消息,5月1号之后需要使用opengwas的api token才可以获取到他们的gwas数据了。 昨天对包进行更新时,发现版本已经变成了0.6.0版本。现在通常使用的 extract_instruments 函数多了一个参数: 说明如下: opengwas_jwt:Us…
Summary data-based Mendelian Randomization analysis
SMR简介以及代码实操 一、简介 SMR是由西湖大学杨健教授团队开发并支持的一个进行SMR以及HEIDI检验的软件工具。其官方网址是SMR,其中包含了对SMR的详细介绍以及操作教程。 SMR(Summary data-based Mendelian Randomization analysis),其核心思想就是利用eQTL数据对某些phenotyp…
介绍一个使用New Bing 进行辅助文献阅读的办法
在edge中的new bing 边栏辅助功能 边栏里面的new bing 已经开放使用了,前提是科学上网哦。科学上网的具体操作,这里就不放了。 辅助阅读的具体操作 first step 科学上网 second step 打开自己需要看的文献,目前发现pdf(大小不能太大,譬如内科学,外科学...),普通的网页也可 third step 点开边栏的n…
推荐一个edge的工作区功能
工作区 这个功能之前在上面就推送过,但是不知道具体的使用方法 今天在看文献的时候,突然遇到一个问题,当我点开很多标签页的时候,我的电脑的电量不够了,同时手里的文献还没有看完 比如: 这样 这个时候,我发现了工作区的使用方法 点击左上角的工作区标志 选择“+”,即可以创建新的工作区,此处我已经创建了两个新的 此时,点击旁边的三个点的符号,可以选择将当…
写一个python 学习笔记?
写一个python 学习笔记? 计算机组成原理简述 计算机构成 内存 硬盘 CPU(寄存) 终端命令操作 切换路径 cd+路径跨盘符切换 输入后 + 盘符: dir查看路径下的文件与文件夹 编译与解释 编译型语言 输入内容编译器机器码电脑 特点:一次编译,多次运行 编辑器 解释型语言输入内容解释器编译器电脑 环境配置 安装网址:python 官方网…