TwoSampleMR包迎来了0.6.0版本

之前在opengwas中网站就看到消息，5月1号之后需要使用opengwas的api token才可以获取到他们的gwas数据了。
昨天对包进行更新时，发现版本已经变成了0.6.0版本。现在通常使用的 extract_instruments 函数多了一个参数：
说明如下：
opengwas_jwt：Used to authenticate protected endpoints. Login to https://api.opengwas.io to obtain a jwt. Provide the jwt string here, or store in .Renviron under the keyname OPENGWAS_JWT.

如果直接使用extract_instruments函数的话，会报错

exposure <- extract_instruments(outcomes='ukb-b-15926',
+                                 p1 = 5e-08,
+                                 clump = TRUE,
+                                 p2 = 5e-08,
+                                 r2 = 0.001,
+                                 kb = 10000,
+                                 )
Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : 参数长度为零

我们就按照以上的说明来进行配置吧！

首先进入上面的网站:https://api.opengwas.io

进去之后让你选择两个登录方式，这里选择两者均可。

之后其会自动生成一个token

然后我们打开Rstudio
输入Sys.setenv(OPENGWAS_JWT = "your_token")
引号内的内容换成网站提供的token

运行一下命令ieugwasr::get_opengwas_jwt()

现在我们的函数就可以更改为这样了

exposure <- extract_instruments(outcomes='ukb-b-15926',
                                p1 = 5e-08,
                                clump = TRUE,
                                p2 = 5e-08,
                                r2 = 0.001,
                                kb = 10000,
                                opengwas_jwt =ieugwasr::get_opengwas_jwt())

运行之后就可以正常的获取数据啦！